Бутстреп-анализ и визуализация деревьев в пакете PHYLIP.

Визуализация деревьев.

В програмном пакете PHYLIP существует программа визуализации деревьев — drawtree. С ее помощью было получено изображение неукорененного дерева, которое было ранее построено с помощью алгоритма Neighbor–Joining (слева).

Укоренение дерева заключается в постановке кореня в так называемую центральную точку, т.е. такую точку дерева, от которой расстояния до всех листьев одинаковы. Такое укоренение есть попытка построить ультраметрическое дерево. Его осуществляет программа retree с параметром -M. Изображение этого дерева в виде прямоугольной филограмы представлено ниже, справа.

Неукорененное дерево

Филограмма

© Волкова Екатерина,2004